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在日本, 火車車費是分得一清二楚的. 一般列車車費都分兩至三部份.

1. 車資, 即乘車卷, 就是這列車基本車費.  你可理解為乘坐普通火車的話, 由一個地點到另一個地點, 通常都是站站停, 亦是非常慢, 這個就是最基本的車資.
   
2. 特急料金, 通常是特急或特別班次的附加費.  特急列車的意思, 就是這班車會飛一些站, 又或者會比普通的列車舒適, 因此就會要求乘客付出特急的費用.
   
3. 寢台料金, 就是附加 "睡房" 的額外費用, 因為寢台列車同一般酒店睡房無異, 自然需要額外工作去清潔打理. 不同房間有不同舒適度, 越大越舒適所付的金錢也越多.

如果你是直接購買有關列車車票的話, 你要付出的價錢就是 1+2 或甚至 1+2+3. 而持有 JR pass 乘車的話, 日間的列車通常可免 1 及 2 的收費, 而夜間寢台列車則一定可免去 1 的收費, 但會另外需付 3 的寢台費.  如果該列車是可以訂位的話, pass 持有人通常都可以免去訂位的指定席付加費用. 要留意特急附加費通常用於長途的列車 (如一個縣去另一個縣), 而一些私鐵如在東京附近運行的京王線列車, 坐上特急列車未必需要附特急費用.

特別料金 (Yahoo Transit) 或 特急卷 (Ekikara) 是在相關網站所稱的第 2 個收費.  乘坐日間的列車的話, 你所要付出的費用就是 1+2, 而用 JR pass 則通常可全免. 但如果你的行程有包含寢台列車的話, 這兩個網站並無任何分隔寢台收費一項, 反而將該列車最便宜的寢台或特急費用一拼交待在特別料金或特急卷一欄內. 因此, 如果你需要查閱寢台列車所需之收費的話, 右面 スパなび 時刻表 (SupaNavi) 在會附帶列明第 3 項的收費, 旅客選擇不同形式的寢台費用可自行加減, 使人有更佳預算.

有一個特別例子是 JR pass 持有人不可乘坐東海道新幹線的 のぞみ Nozomi 列車, 如用 JR pass 登上有關列車亦需繳付全程費用. 其實 Hikari 及 Kodama 列車的收費都是跟 Nozomi 一樣的, 因此除了時間之外, 坐這兩列車都不會有損失 (參考 8.1).

JR Odekake 網頁 有詳盡的解說不同寢台睡房的定義及收費. 在 JR pass 背頁亦寫得非常清楚, 大家宜細心閱讀.

以上引自小譚 http://piggus.net/japan/post/3/100