日本共由數千個島組成，很自然地也就具備四通八達的境內渡船路線網。
日本4個主要島嶼：本州、北海道、九州及四國，是由橋樑及隧道彼此相繫，但大部份的小島就僅能靠船舶接渡。不過即使是在交通方便的4個主要島嶼，就算與火車、巴士及飛機相較，渡船並不是特別快的替代性交通工具，但卻別有一種情調。
大部份的境內渡船都同時提供人、車輛及貨物的運輸。在較短路線，服務的是小渡船，可以承載幾輛車及幾十位乘客；較長程的路線，渡船體積也比較大。
較大艘的渡船可以載送數百輛車輛及乘客，通常設備也較多，例如附有公共澡堂及餐廳。有些渡船的設備甚至還直逼豪華客輪。
大部份長程渡船都提供乘客三種艙等選擇：次等艙、頭等艙及特等艙
本頁介紹日本縣市及短程巴士，以及搭乘方法。有關長程巴士旅遊，則可參考高速巴士篇。
京都市公車
在東京、大阪及一些其他大城市，巴士是次級大眾運輸交通工作，填補火車及捷運網絡的不足。在許多火車網絡比較不密集的城市，例如京都，巴士是主要的大眾運輸交通工具。
巴士服務路線還包括規模較小的城鎮、鄉下及國家公園。主要城市之間則進一步由高速及長程巴士來串連。
對於在日本國內的長中程旅行而言，高速巴士是火車以外，相當具有吸引力的選項。高速巴士一般會比急行列車慢，但票價也便宜百分之20到50。此外，如果搭乘夜間巴士，還可以省下住宿。
高速巴士路線
日本的高速巴士網絡非常密集，覆蓋全國。每個縣及大城市都至少有一家巴士公司服務，連接該處與日本其他地方。在主要路線上，例如東京-名古屋-京都-大阪等路段，因為激烈的競爭使得價格非常低廉。至於這些地方以外各處，各家巴士公司多是採取合作取代競爭的策略。
如何搭乘高速巴士
大部份長程巴士都需要訂位。您可以在主要的巴士總站親自訂位，或透過旅行社、打電話（通常只能以日文溝通，電話號碼公佈在巴士公司的網站上）或上網訂位。JR的高速巴士也可以在JR火車站購票櫃台訂位。
建議您提早一兩天訂位，特別是針對熱門路段及在旅遊旺季時。不過如果仍有空位，也可能得以在巴士離開總站之前，在總站取得訂位。
青春18車票是季節性的鐵路車票，可於5天中不限次數在全國搭乘普通及快速JR（日本鐵路）火車，同時只要11,500日圓，也就是一天要2,300日圓！
可購買及使用時間
青春18車票一年只在學校放假時有三次的販售期，見下表：
一般販售期（有可能異動）: 期間 使用期間 販賣期間
春季 3月1日到4月10日 2月20日到3月31日
夏季 7月20日到9月10日 7月1日到8月31日
冬季 12月10日到1月20日 12月1日到1月10日
紙本時刻表
在日本，您可以在書店及書報攤買到紙本時刻表。通行全國的時刻表及針對特定區域或鐵路公司的時刻表，皆有販售。
通行全國的時刻表有各種大小，每月發行一次。除了提供日本國鐵(JR)所有火車路線的時刻表，其他家鐵路公司所營運的火車、巴士、 渡船和飛機等各式時刻表也有，只是不那麼詳盡。另外還附有五花八門的實用資訊。
如果您不具備日文閱讀能力，日文時刻表就會相當難用，即使最大的時刻表專刊附有全部車站名稱的片假名及平假名寫法。以英文印製的時刻表數量有限，是由日本國鐵的紐約及巴黎辦公室郵寄供應（請參閱本頁下方連結）。
線上時刻表
您可以在日本國鐵網站上找到JR新幹線及特急列車的PDF版時刻表。（請參閱本頁下方連結）。.
九州
JR九州鐵路周遊券
種類: 可不限次數在九州搭乘由JR九州公司營運之火車，包括九州新幹線和特急列車，但不包括山陽新幹線。
期間: 連續之5天
條件: 日本居民不得使用。日本境外或境內皆可購買。不可轉讓。
價格: 5天 16,000日圓
四國
JR四國自由乘車票
種類: 可不限次數在四國搭乘JR火車，包括特急列車。
期間: 連續之3天
價格: 3天 15,700日
JR四國再發現車票
種類: 可不限次數在3個月內的5天中於四國搭乘JR普通列車（只適用於週五，週六，週日和假日）。
中國
JR西日本鐵路周遊券–山陽地區
種類: 可不限次數搭乘山陽新幹線，和大阪的山陽線及JR普通列車，以及到關西機場的JR火車。
期間: 連續之4或8天
條件: 日本居民不得使用。日本境外或境內皆可購買。不可轉讓。
價格: 4天 20,000日圓
8天 30,000日圓
關西
關西通行證
種類: 可不限次數搭乘關西地區（大阪，京都，神戶）的非JR火車，地鐵和巴士。
期間: 2或3天
條件: 外國遊客在各地皆可購買此車票，但日本居民只能在關西地區以外購得，但春季，夏季和秋季的限定時期除外。在該段期間，關西地區內也可購買。
價格: 2天 3,800日圓
3天 5,000日圓
中部
JR青空自由乘車券／青空寬自由乘車券
種類: 可不限次數於週六，週日和假日搭乘名古屋附近的JR普通和快速列車。
寬周遊券的可使用地區較一般周遊券為多，包括了伊勢和木祖村。
期間: 1天（週六，週日或假日）
價格: 青空自由乘車券 2,040日圓
青空寬自由乘車券 3,570日圓
關東／東北
JR東日本周遊券
種類: 可不限次數搭乘所有由JR東日本鐵路公司（關東，甲信越和東北地區）營運之火車，包括新幹線（東海道新幹線除外），特急列車和普通車。
期間: 連續之5或10天，或一個月內任選4天
條件: 日本居民不得使用。日本境外或境內皆可購買。不可轉讓。
價格: 連續之5天 20,000日圓
連續之10天 32,000日圓
任選4天 20,000日圓
JR北海道鐵路周遊券
種類: 可不限次數搭乘所有由JR北海道鐵路公司及JR北海道公車公司營運之火車，包括特急列車和大部份公車。
期間: 連續之3或5天
條件: 日本居民不得使用。日本境外或境內皆可購買。不可轉讓。
價格: 3天 14,000日圓
5天 18,000日圓
JR北海道自由乘車券
種類: 可不限次數搭乘所有由JR北海道鐵路公司及JR北海道公車公司營運之火車，包括特急列車和大部份公車。
全國通用
日本鐵路周遊券
種類: 幾乎全國所有日本鐵路(JR)列車都能不限次數搭乘，包括子彈列車，特急列車，普通列車，某些JR公車和到宮島的JR渡船。
期間: 連續之7、14、或21天
條件: 日本居民不得使用。必需在日本境外購買。不可轉讓。
價格: 7天 28,300日圓
14天 45,100日圓
21天 57,700日圓
日本鐵路周遊券對到日本旅遊的國外旅客來說是很有成本效益的鐵路周遊券 ，可不限次數搭乘全國的日本鐵路列車。
日本鐵路周遊券價格
種類 一般車廂 綠色車廂
連續之7天 28,300 日圓 37,800 日圓
連續之14天 45,100 日圓 61,200 日圓
連續之21天 57,700 日圓 79,600 日圓
6-11歲兒童可享優惠價（50%折扣）。
有效使用範圍
以下是一般JR火車票的各種費率和費用：
基本費率（乘車券）
這是從甲地到乙地的基本費用，適用於所有一般火車票。基本費率依出發站到抵達目的站的距離而有所不同。短程每公里的價格約為20日圓，長程則降至10日圓以下。
特急費（特急券）
這是在搭乘新幹線 (子彈列車)或特急列車時，除了基本費率外還需另付的費用。特急費依搭乘距離和乘坐之列車而有所不同。
以下將說明在日本如何搭乘火車和地鐵。
火車種類
從地區普通車到新幹線（子彈列車），日本火車通常都分為下列幾類：
私有鐵道公司
在日本有一百多家私有鐵道公司。規模較小者僅有一條營運路線，較大者所經營的鐵路網則相當廣。以下為幾家主要的私鐵公司:
關東：
東部（約460公里）
http://www.tobu.co.jp/
東部經營許多往郊區及東京以北各縣的鐵路線。吸引遊客的特色：這條路線可以到日光。
小田急（約120公里）
旅遊日誌 (10)