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日本本島－本州，整個由高速火車路線網絡所覆蓋，透過這張交通網，可使東京與島上大部份主要城市及九州上的福岡相連。日本的高速火車（子彈列車）稱為新幹線，是由JR（日本鐵路公司）所營運。

東海道／山陽新幹線

東海道新幹線連接東京、京都、名古屋及大阪，由1964開始營運，是第一條新幹線路線，也是全球高速火車的濫觴。早在1964年，火車時速就已經高達200公里，現在更已超過300公里。

東海道新幹線延伸支線－抵達福岡博多車站的山陽新幹線則於1975年完工。

東海道／山陽新幹線上往來火車共有下列三類：

• 希望號：Nozomi列車只停靠最重要的大站，從東京到大阪大約二個半小時。nozomi列車是JR網絡中，極少數不能使用日本鐵路周遊券的火車。
  
• 光速號：Hikari列車停靠的站數比nozomi列車稍多，從東京到大阪約需三小時。在山陽新幹線上，Hikari列車被稱為“HikariRailstar”。
  
• 回聲號：是速度最慢的列車。Kodama列車全線各站皆有停靠

九州新幹線

九州新幹線的南半部，連接八代與鹿兒島，於2004年3月通車。北半部則將連接八代與博多，工程預訂於2010年完工。九州新幹線上的列車稱為燕號Tsubame。

北新幹線

在1982年，第一條北上幹線－由東京到盛岡的東北新幹線，與抵達新潟的上越新幹線同年完工。

之後下列各線也紛紛開始營運：從福島到新庄的山形新幹線，從盛岡到秋田的秋田新幹線，從上越到長野的長野新幹線，以及從盛岡到八戶的東北新幹線延伸線。

目前仍在建造的還有東北新幹線到青森的延長路段，以及到金澤的長野新幹線延長路段。

北上幹線火車共有下列三類：

• 疾風號：Hayate（東北新幹線）：這是東北新幹線最快的列車。Hayate從東京一路直達八戶，中間僅停靠主要車站。全部座位都是指定席。在東京及盛岡之間，Hayate列車會與Komachi號併結。
  
• 山彥號：Yamabiko（東北新幹線）：這是東北新幹線第二快的列車，最遠可到盛岡。Yamabiko列車停靠站比Hayate列車多。
  
• 那須野號：Nasuno（東北新幹線）：這是東北新幹線最慢的列車。Nasuno列車最遠僅到郡山（福島前一站），每站皆停。
  
• 小町號：Komachi（秋田新幹線）：這是秋田新幹線唯一的列車種類。Komachi往返東京及秋田之間。全部座位都是指定席。在東京及盛岡之間，Komachi號會與Hayate列車併結。
  
• 翼號：Tsubasa（山形新幹線）：這是山形新幹線唯一的列車種類。Tsubasa往返東京、山形與新庄之間。在東京及福島之間，有些Tsubasa列車會與Yamabiko號併結。
  
• 朱鷺號：Toki（上越新幹線）：上越新幹線共有兩種列車，這是比較快的那一種，從東京一路到新潟。
  
• 谷川號：Tanigawa（上越新幹線）：這是上越新幹線中比較慢的列車。Tanigawa最遠僅能到越後湯澤，停靠站數比Toki列車多。
  
• 淺間號：Asama（長野新幹線）：這是長野新幹線唯一的列車種類。Asama往返東京及長野之間。