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航空公司
日本國內線由JAL集團與ANA集團所把持，兩者旗下各有數家航空公司，所服務的日本機場超過50個。此外，在幾個日本最受歡迎的航段上，還有數家規模較小的航空公司與JAL及ANA競爭。

JAL集團（日本航空公司）
JAL集團包含日航國內線及日航國際線，以及數家較小的航空公司，包括日本越洋航空(Japan Transocean Air)、北海道航空系統(Hokkaido Air System)、琉球空中通勤(Ryukyu Air Commuter)等等。在日本，JAL集團所服務的機場超過60 個，每日大概提供650個國內線航班。

ANA集團（日空航空公司）
ANA集團包含日空航空公司，以及數家如日空航空(Air Nippon)這樣的小型航空公司。在日本，ANA集團所服務的機場超過50個，每日大概提供850個國內線航班。

Skymark Airlines
Skymark Airlines經營平價航班，路線為從東京羽田機場到福岡、神戶、沖繩的那霸機場及札幌。有些季節，Skymark Airlines也會往返神戶及沖繩之間。

Air Do
Air Do也稱為北海道國際航空(Hokkaido International Airlines)，經營平價航班，路線為從東京羽田機場飛往北海道數個城市，包括札幌、旭川、函館及女滿別。

Skynet Asia Airways
Skynet Asia Airways經營平價航班，路線為從東京羽田機場到九州數個城市，包含宮崎、熊本及長崎。

IBEX Airlines
IBEX Airlines舊稱Fair Inc，經營路線為大阪伊丹機場到仙台、福島、庄內（山形）及大分等地。

Starflyer
Starflyer從2006年3月開始營運，提供往返東京羽田機場及新北九州機場的平價航班。2007年秋天開始，公司開通了從羽田與大阪關西機場之間的航班。

機場
東京羽田機場目前是日本最繁忙的機場，處理大部份的國內航空班次。東京成田機場則主要負責國際線航空班次及非常小部份的國內線航班。

大阪關西機場同時服務國際線及國內線航班。過去大阪航空事務是由該市第二大機場伊丹機場處理，現在大部份業務（主要是國際線）則轉交給關西機場負責。但儘管如此，伊丹機場仍是日本第二繁忙的國內線機場。

其他日本主要機場還包括名古屋的中部國際機場、福岡機場、札幌的新千歲機場、神戶機場及沖繩的那霸機場。下圖列出更多重要機場：